铁猴子首先折腾了两广所有著名的妓院，云计解救了不少被迫卖身的女子，却不曾发现番禺县的失踪少女，尤其不见林彩云。

西门是一名普通的出租车司机，算数他的女朋友小洁是一名警察。这天西门照常开车拉客，据中却在交班之际因为顺路多载了一名女乘客，女乘客觉得他很熟路况，于是提出包车的要求，在重金的诱惑下西门答应了

建秋跟着毒贩老大黑柴（林国斌饰）前往泰国与毒贩Bobby（卢惠光饰）进行对接，云计目的是见到行动的最大目标八面佛（卢海鹏饰），云计阿天则和子伟以及同事阿益（吴廷烨饰）进行跟进。交易当天警方几乎全军覆没，算数危急之时阿天挟持了八面佛的女儿缅娜（宝儿饰）准备逃命，算数八面佛承诺只要还回缅娜阿天可以带走建秋和子伟中的一个，没被选中的则要被推进鳄鱼池，面对抉择阿天及进退两难……。从小一起长大的好兄弟马昊天（刘青云饰）、据中张子伟（张家辉饰）和苏建秋（古天乐饰）共同效力于警队扫毒科。

由于泰国警方的配合不力导致建秋身份暴露，云计虽然建秋答应阿天继续把交易完成，但失败的导火索已经埋下。在一次临时改变计划的行动后，算数建秋因为卧底身份不能与妻子（袁泉饰）过正常生活而心生退意，但在阿天与子伟的劝说下，三人决定进行最后一搏

南京方面内务部长官洪述亦同时动作，据中收买部分太保暗杀高先生……长枪小杨（李修贤饰）首先发难行刺却因失手被洪述清除，据中高先生先后在烟嘴冯金榜（江生饰）、眼镜（王钟饰）、富商陶大业（梁家仁饰）、学生关伟（刘德华饰）、浪子叶不凡（姜大卫饰）、少爷梁少雄、教头（狄龙）的护卫下历经连番血战，终于杀出重围。

上海富商沈刚夫（陈观泰饰）受人所托，云计命上海滩十三太保保护高先生离沪赴港。一桩看似简单的任务但危机四伏，算数在紧要关头谷平安等人赶来相助，算数终于完成了终极任务，而王兆兴的命运又如何呢？大明朝锦衣卫飞鱼营校尉王兆兴的师妹晶晶在执行任务时牺牲。

原来，据中在穆天有押送兵部受审之前，设法要穆天有性命的正是吴大海，因为穆天有的受审，将危及到朝廷的几位高官。穆天有在春满楼陷入锦衣卫校尉吴大海的围困之中，云计如果不是王兆兴及时赶到，穆天有的性命堪忧。

晶晶临死之前，算数奉劝王兆兴离开飞鱼营，原因是飞鱼营内部有问题。青蛇会在江湖中人称索命帮，据中青蛇会怎么知道王兆兴的身份，据中以及王兆兴押送番军投降将军的路线？王兆兴决定全力完成这次终极任务，同时查明真相。