海盗的命运皆压在落魄的老杰克被封印的黑珍珠号，日中以及天文学家卡琳娜·史密斯（卡雅·斯考达里奥KayaScodelario饰）口中的远古三叉戟上。

挺身而出的GUTS-SELECT、国玻前来驰援的泽塔奥特曼还有身处战斗中心的特利迦奥特曼的面前出现的是……浑身散发着不祥之气的影之继承者——邪恶特利迦的身姿。与此同时，璃综世界各地相继发生了各种入侵超古代遗迹的事件。

日中一场关乎宇宙前途命运的鏖战就此拉开序幕。时间来到最终决战的两年后，国玻在本应已迎来和平的地球上，怪兽们再度倾巢而出。而GUTS-SELECT（精英胜利队）也迎来了新的队长——时冈（中村优一饰），璃综众人开启了调查。

为了守护大家的笑容，日中特利迦奥特曼、日中GUTS-SELECT的队员们以及夏川遥辉/泽塔奥特曼（平野宏周饰）、伊格尼斯/黑暗特利迦（细贝圭饰），将一同投身这场光与影的大决战番王、国玻海霸、华老大是庙街的暴徒，专门贩卖人口，为利益之争，海霸被自己人阿杨谋害，死于非命，并遗下二女罗莉及小兰。

后来小兰被番王掳走，璃综卖去妓院，璃综并遇上为了做论文而去妓院做研究的蓓妮(十三妹)，罗莉欲救小兰，但不果，却被蓓莉所救，罗莉后来找秦武一起对付番王，营救小兰，另一方面，蓓莉也为了救小兰而身受重伤，结果罗莉二人，一起将番王击退，救出小兰，而蓓莉亦终于完成了论文，顿悟灵与欲的道理

途中，日中遇陌生客魏川（高山），翠凤误以为仇家予以政击，魏川武功比翠凤高很多，三五回合翠凤即难招架。国玻[天堂城]将于下周一在夏威夷开拍

在前恋人的治疗鼓励下，璃综王刚奋起复仇，将凶狠残暴的马贼通通消灭殆尽。一位英俊潇洒的边陲侠士王刚，日中家中突遭不幸，爱妻被杀，小屋被烧，自己也被前来寻仇的马贼毒打重伤

干戈利诱大学教授携手寻书，国玻志珍被他的无耻行径激怒，为尽快找到医书，她们来到漆黑的秘宫，在一颗明珠上找到了线索。川多磨直言相告，璃综志珍更坚定了保住国宝的决心。